چند رسانه ایرانی گزارش داده‌اند که در شماری از شهرهای تهران پایتخت این کشور، از جمله مهدی‌شهر و ملارد، مدارس دولتی از ثبت‌نام دانش‌آموزان افغان، حتا با اقامت قانونی در رشته‌های ریاضی و تجربی خودداری کرده‌اند.
به گفته برخی خانواده‌های مهاجر افغان در ایران، به آن‌ها اعلام شده که فرزندانشان تنها تا صنف ششم اجازه تحصیل دارند و از مقطع متوسطه به بعد باید یا به‌صورت آنلاین و با پرداخت شهریه‌ای حدود ده میلیون تومان درس بخوانند، یا در رشته‌های محدود غیر از ریاضی و تجربی ثبت‌نام کنند.
خبرگزاری‌های «خبرآنلاین» و «فرهیختگان» با نشر این خبر نوشته‌اند که در مهدی‌شهر، والدین افغان می‌گویند از آنان خواسته شده پرونده تحصیلی فرزندانشان را از مدارس فعلی تحویل بگیرند و با «رضایت شخصی» به مدرسه‌ای حاشیه‌ای منتقل شوند. گفته شده دانش‌آموزان افغان در این شهر در یک شیفت مختلط و جدا از دیگر دانش‌آموزان درس می‌خوانند.
در شهرستان ملارد، جایی که شمار زیادی از مهاجران قانونی افغان زندگی می‌کنند برخی از خانواده‌های افغان از ثبت‌نام فرزندانشان در مدارس بازمانده‌اند. برخی از مادران ایرانی که همسر افغان دارند نیز گفته‌اند حتی با وجود تابعیت ایرانی‌شان، فرزندانشان از تحصیل در مدارس دولتی محروم مانده‌اند و پاسخ مقام‌های آموزشی این بوده است: «می‌خواستید با اتباع ازدواج نکنید».
وزارت آموزش و پرورش ایران تاکنون به‌طور رسمی به این گزارش‌ها واکنش نشان نداده است، اما سخنگوی این وزارتخانه پیش‌تر گفته بود که ثبت‌نام مهاجران افغان باید در چارچوب ضوابط وزارت داخله انجام شود. در همین حال، نهادهای مدنی و فعالان آموزشی در ایران تصمیم‌های محلی در این زمینه را «نقض آشکار حق تحصیل کودکان افغان» توصیف کرده‌اند.